要防止树脂遭受污染必须控制好各项水处理工艺指标，层层把关。
例如：
1、要搞好混凝澄清处理，必须正确选择混凝剂，并由试验确定最佳的药剂投加量，防止铝盐、铁盐后移，严格控制砂滤器、活性炭过滤器出水中的浊度。A13+、Fe3+要小于0．3mg/l；化学需氧量COD小于l mg/l。并通过活性炭过滤来吸附有机物质。
2、搞好预处理的杀菌灭藻工作，控制好进入阳离子交换器前的余氯量。
3、为了防止再生剂中的杂质对树指引起的污染，除了要选用优质再生剂之外，对再生剂的运输和贮存过程中的容器要采取防腐措施，同时要避免混杂装货，要有专用车辆及装贮容器。
4、对于可能接触树脂的压缩空气，要净化除油；要防止从脱除二氧化碳器的鼓风机中吸入未净化的空气；水源吸水口附近，必须禁止设立油脂码头或油船停靠站，防止油脂污染水体。
5、定期用压缩空气吹洗树脂，以去除悬浮物、有机物和铁等，这样既可以清除又可以防止树脂沾上污染物。
虽然用各种措施来防止树脂受到污染，但经过一段时间运行之后，树脂有时还会受到污染，这是除盐水处理中常见的。这时可采用以下措施进行处理：
(1)阴离子型树脂最容易受污染。污染程度也最为严重。当阴离子型树脂受污染时，可以用碱性食盐水法进行处理，其要求如下：
碱性食盐水法处理加烧碱是增加腐殖酸之类物质的溶解度，并以NaCl与NaOH之比为5的配方来调节pH值为10。此法能除去90％以上的有机物质。水溶液适当加热，处理效果会更好。
如果是阳离子型树脂受到污染，可用酸或食盐水法除去污染物，处理条件如下：

(2)当严重污染时，在碱性食盐水的溶液中加入适量的次氯酸钠(一般＜0．5％)，来氧化腐殖酸有机物，使其分解。
(3)改变阴离子树脂高分子骨架憎水性为亲水性。苯乙烯系的高分子骨架，是憎水性的，与腐殖酸相同，这两个高分子的吸引力都很强，难以解吸。因此，可以用亲水性的丙烯酸系高分子骨架，分子间吸引力比较弱，这样进入树脂的有机物经过碱再生处理容易解吸出来。
为防止树脂污染，使离子交换过程处于良好状态，经常有计划地进行树脂的复苏处理是很有必要的。