除氧器在运行时常见的故障有：排气带水、除氧器振动及自生沸腾。
1）排气带水
排气带水也叫跑水，除氧器运行中工况发生较大变化或运行中造作不当时，除氧器可能发生排气带水现象。其主要原因一是进水量过大，在淋水盘或配水槽中引起激溅所致；二是排气量过大，造成排气速度过高或携带水滴。

2）除氧器振动
除氧器振动会损坏设备危及设备安全，主要是由于除氧器内发生汽、水冲击造成。引起汽水冲击的主要原因是：进水温度低及进水量波动大，淋水盘孔锈蚀堵塞发生溢流；喷嘴脱落，使进水呈水柱状冲向排气管等。以上因素均可导致汽、水流偏斜，气流速度、压力不均引起压力波动，造成汽水冲击。

3）自生沸腾
除氧器的“自生沸腾”是指过量的温度较高的汽、水流进入除氧器，其汽化产生的蒸汽量已满足除氧器加热蒸汽量的需要，使进入除氧器的主凝结水不需要回热抽汽加热就达沸腾。此时，除氧器内部汽与水的逆向流动遭到破坏，除氧器中形成蒸气层，阻碍气体的逸出.