反渗透系统受到季节性水源因素污染的主要是以地表水为水源的系统，重点要预防的有以下因素：
　　（1）水库、湖区水体的藻类与地面径流农药有机物污染。藻类在夏季生长更替增加迅猛，冬季则腐烂沉淀分解随着枯水期而得到浓缩，自来水厂前处理为降低水的色度往往投加不足或过量的PAC混凝剂，此类水体中的藻类分泌物容易和混凝剂形成络合物而穿透过滤装置。有鉴于地表水中人工合成有机物污染日趋严重的状况，除了加强混凝过滤处理环节的絮凝剂浓度调整和反洗除污措施外，在预处理活性炭工序前增加一道臭氧预氧化装置，可以有效的将活性炭工艺改造成生物活性炭过滤吸附工艺，利用增加的微生物分解作用以弥补对于去除低分子亲水性有机物的不足，同时还能有效去除大部分氨氮化合物。
　　（2）山区多雨的季节尽管天然水质表现为稀释效应（雨后水的电导率和饱和指数降低）和CO2效应（雨后水的CO2分压升高和pH值降低），但受土地过度种植开发水土流失的影响，反而更多的受到无机颗粒物污染增加的威胁，直接表现为预处理污染指数升高，这种情况下只能加强膜系统的保安滤芯更换的频次和在线清洗保养的力度。
2.5膜元件的具体类型设计选择不当
　　反渗透膜元件常用的有四种类型：低压大通量膜、低压膜、低污染反渗透膜和高压海水淡化膜。由于存在价格差异，多数企业在招标选择膜材料时仅仅单纯考虑价格因素，而不是切合实际水质条件来选择膜对应的不同型号，更多的选用是低压大通量膜，运行使用的初期并无区别，但在压差增加、操作压力升高后，却直接造成膜的远期经济效益下降。
　　针对不同地区的水源选择合适的膜材料，其实会取得事半功倍的效果。一般南方水质污染少的地区适合用低压大通量膜，南方地表水污染较严重的地区适合用低污染反渗透膜，北方地区以使用地下水源为主时，适合用低压膜，北方地下水为苦咸水时考虑用海水淡化膜。
　　另外，针对纯净水行业2级反渗透系统的运行特点，还可以选用正电荷的反渗透膜，提高对钠离子等阳离子的脱除效率。